בחינת גמר הינה חובה במסלול המחקרי לתלמידים שהחלו לימודים עד תשפ"ב. החל מתשפ"ג אין חובת בחינת גמר במסלול המחקרי
בסיום הלימודים, על התלמידים לתואר מוסמך במסלול המחקרי - להיבחן בבחינה מסכמת בתחום לימוד אחד. לבחינה המסכמת שתי מטרות:
להעשיר את הידע של התלמיד בשני תחומי התמחות.
בתחילת שנת הלימודים האחרונה לתואר (השנה בה התלמיד מתכוון לסיים את כלל חובות לימודיו לתואר) יבחר התלמיד מתוך רשימת נושאי התמחות הנמצאת באתר החוג שני נושאים אפשריים שעל אחד מהם ייבחן בפועל. אחד מנושאי ההתמחות יכול להיות בתחום הכללי שבו כתב התלמיד עבודה סמינריונית במהלך לימודיו לתואר ראשון או לתואר שני. התלמיד ימלא את טופס ההרשמה לבחינה, בו יציין את שני הנושאים שבחר, ויעביר את הטופס אל יועץ המוסמך של החוג. היועץ יאשר נושא אחד ויפנה את התלמיד למרצה שיבחן אותו בנושא שאושר. היועץ יכול שלא לאשר את המוצע על-ידי התלמיד משיקולים פדגוגיים ומינהליים. לא ניתן להיבחן אצל מרצה שאמור לשמש גם המנחה של התיזה (ראו תקנון אתר החוג תוכנית הלימודים - לימודי המוסמך).
לאחר קבלת אישור היועץ יפנה התלמיד למורה הבוחן וירכיב בעצה אחת איתו ביבליוגרפיה של ספרות המחקר העדכנית בנושא ההתמחות. הביבליוגרפיה תכלול רשימת ספרים ומאמרים בשפת מקור מזרחית לפי ידיעת התלמיד וביבליוגרפיה בשפות מערב-אירופאיות על פי שיקולי המורה.
התלמיד ייגש לבחינה במועדי בחינות כלל-פקולטטיים שיפורסמו על-ידי מזכירות החוג. באישור המורה יוכל התלמיד להיבחן במועד מיוחד אם אין צורך בתיאום משגיח בחינות מהפקולטה.