הלל כהן הוא פרופסור חבר במחלקה ללימודי האסלאם והמזרח התיכון . תחום מחקרו העיקרי הוא יחסי יהודים-ערבים בארץ משלהי התקופה העות'מאנית ועד היום. הוא משלב מחקר ארכיוני, ראיונות ומחקרי שדה.

מספריו:

הנפקדים הנוכחים, הפליטים הפלסטינים בישראל מאז 1948 (ירושלים: מכון ון-ליר, 2000).

צבא הצללים: משת"פים פלסטינים בשרות הציונות 1917—1948 (ירושלים: עברית, 2004)

ערבים טובים: המודיעין הישראלי והערבים בישראל (ירושלים: כתר ועברית, 2006).

כיכר השוק ריקה: עלייתה ונפילתה של ירושלים הערבית 1967—2007 (ירושלים: מכון ירושלים לחקר ישראל, 2007).

תרפ"ט: שנת האפס בסכסוך היהודי-ערבי (ירושלים: כתר, 2013).