פרופ' אייל ג'יניאו עוסק בהיסטוריה חברתית ותרבותית של המדינה העות'מאנית; באסלאם בבלקן; בכתיבה החילונית בלאדינו במאות ה-19 וה-20 ובתורכיה המודרנית. אייל למד את שלושת תאריו האקדמיים באוניברסיטה העברית. מלגת רוטשילד אפשרה לו ללמוד במסגרת בתר הדוקטורט בסנט אנטוני קולג', אוניברסיטת אוקספורד, אנגליה בשנים 1999-2000. עם שובו ארצה בשנת 2001 הוא נקלט בסגל האקדמי בחוג.
אייל חבר בוועדה לקביעת תוכנית לימודים בהיסטוריה עבור בתי-ספר ערביים בישראל מטעם משרד החינוך, וחבר באגודות בינלאומיות שונות של לימודי האסלאם והמזה"ת.
אייל זכה ב-2015 במענק לשלוש שנים מטעם האקדמיה הישראלית למדעים עבור המחקר "עיצוב הסולטאנות החוקתית: שלטונו של מהמט רשאד (1918-1909)". בפברואר 2015 הוא היה חוקר אורח באוניברסיטת UCD, דבלין, אירלנד כמלגאי של תוכנית ארסמוס לחילופי מרצים עם האיחוד האירופי.
ספריו על החברה העות'מאנית במלחמות הבלקן (1913-1912) [באנגלית] ועל הפרובינציות הבלקניות של המדינה העות'מאנית [בעברית] התפרסמו בשנת 2016.