פרופ' אלי פודה מתמחה בנושאי מצרים, יחסי ישראל-ערב, המערכת הבין-ערבית, חינוך ותרבות בעולם הערבי. הוא כיהן כראש החוג בשנים 2009-2004.

אלי הוא עורך "המזרח החדש", כתב העת של האגודה הישראלית ללימודי המזה"ת והאסלאם (אילמ"א) 2008-2000, עמית מחקר בכיר במכון הארי ס' טרומן לקידום השלום באוניברסיטה העברית, וחבר הנהלה ב"מיתווים" – המכון הישראלי למדיניות חוץ אזורית.

הוא פרסם וערך 12 ספרים ולמעלה משבעים מאמרים אקדמיים. בין פרסומיו האחרונים:The Politics of National Celebrations in the Arab Middle East (Cambridge: Cambridge University Press, 2011); Chances for Peace: Missed Opportunities in the Arab-Israeli Conflict (Austin: University of Texas Press, 2015); מסיים עתה לערוך ספר עם און וינקלר על האביב הערבי. מופיע לעיתים מזומנות בתקשורת הישראלית ומפרסם מאמרי אורח בהארץ וב-Jerusalem Post.