ד"ר עפר אפרתי הוא מורה בכיר בחוג ללימודי האסלאם והמזרח התיכון ורכז היחידה להוראת ערבית בחוג משנת 2010. מלמד באוניברסיטה משנת 1992. עפר אפרתי ריכז את היחידה להוראת ערבית בתכנית הלימודים לתואר שני בבית הספר לתלמידים מחו"ל ע"ש רוטברג באוניברסיטה העברית 15 שנה. הוא ריכז גם את תוכניות לימוד הערבית בתואר הבוגר ובקורסי הקיץ 14 שנה. הוא מדריך דידקטי ומרצה במכללת דוד ילין משנת 2000, ורכז מגמת ערבית בבית הספר התיכון שליד האוניברסיטה.

עפר אפרתי הופיע ברציפות מעל 30 שנה ברשימת המורים המצטיינים במשאל הערכת ההוראה לסגל האקדמי באוניברסיטה העברית (פרט לשנה בה היה בחצי שבתון). הוא זכה בפרס הרקטור ע''ש מיכאל מילקן למורים מצטיינים על הצטיינות נמשכת בהוראה באוניברסיטה העברית, וכן לתעודות הצטיינות והערכה מטעם אגודת הסטודנטים, המזכירות הפדגוגית של משרד החינוך וקצין מודיעין ראשי של צה"ל.

עפר אפרתי שימש חבר בוועדות שונות, כגון "ועדת המקצוע להוראת ערבית ואסלאם" במשרד החינוך וחבר בצוות מומחים לנושא 'הוראת ערבית בחינוך העברי', מטעם היוזמה למחקר יישומי בחינוך של האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים.

עבודת הדוקטורט שלו עסקה בנושא "טבריה בתקופה האסלאמית הקדומה (1099/492-634/13): היבטים חברתיים-תרבותיים ודתיים". העבודה נעשתה בהנחייתו של פרופסור עמיקם אלעד. בעבודתו האקדמית עפר עוסק בתולדות ארץ ישראל בתקופה האסלאמית הקדומה בדגש על אזור "ג'נד אלארדן", ולאחרונה החל לחקור סוגיות חברתיות, תרבותיות ודתיות גם ב"ג'נד פלסטין".

עפר כתב בעבר בנושאים שונים, כגון ספרות האדב ומלחמת המפרץ וחוקר עתה את שיטות ההוראה השונות של השפה הערבית בעיקר במדינות דוברות אנגלית ושפות רומאניות.