ד"ר עפר אפרתי הוא מורה בכיר בחוג ללימודי האסלאם והמזרח התיכון ורכז היחידה להוראת ערבית בחוג משנת 2010. הוא מלמד באוניברסיטה משנת 1992. עפר מרכז את היחידה להוראת ערבית בתוכנית הלימודים לתואר שני בבית הספר לתלמידים מחו"ל ע"ש רוטברג באוניברסיטה העברית משנת 2010, ומדריך דידקטי ומרצה במכללת דוד ילין משנת 2000, ומשמש גם כרכז מגמת ערבית בבית הספר התיכון שליד האוניברסיטה.

עפר אפרתי הופיע ברציפות 26 פעמים ברשימת המורים המצטיינים במשאל הערכת ההוראה לסגל האקדמי באוניברסיטה העברית משנת 1992. הוא זכה בפרס ע''ש מיכאל מילקן למורים מצטיינים על הצטיינות נמשכת בהוראה באוניברסיטה העברית, וכן לתעודות הצטיינות והערכה מטעם אגודת הסטודנטים, המזכירות הפדגוגית של משרד החינוך וקצין מודיעין ראשי של צה"ל.

עפר שימש חבר בוועדות שונות, בהן "ועדת המקצוע להוראת ערבית ואסלאם" במשרד החינוך והיה חבר בצוות מומחים לנושא 'הוראת ערבית בחינוך העברי', מטעם היוזמה למחקר יישומי בחינוך של האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים.

עבודת הדוקטורט שלו עסקה ב"טבריה בתקופה האסלאמית הקדומה (1099/492-634/13): היבטים חברתיים-תרבותיים ודתיים". העבודה נכתבה בהנחייתו של פרופ' עמיקם אלעד. בעבודתו האקדמית עפר עוסק בתולדות ארץ ישראל בתקופה האסלאמית הקדומה בדגש על אזור "ג'נד אלארדן".

עפר כתב בעבר בנושאים שונים, כגון ספרות האדב ומלחמת המפרץ.